Dalam hal jumlah pendaftar melebihi daya tampung maka dilakukan seleksi dengan urutan langkah sebagai berikut:
1. Rerata nilai (mapel Bahasa Indonesia, Matematika, IPA, dan PKn) rapor SD/MI kelas 4, 5, dan 6 semester 1 yang telah divalidasi dikali nilai akreditasi sekolah bagi calon peserta didik baru SMP.
2. Rerata nilai (mapel Bahasa Indonesia, Matematika, IPA, Bahasa Inggris, dan IPS) rapor SMP/MTs kelas 7, 8, dan 9 semester 1 yang telah divalidasi dikali nilai akreditasi sekolah bagi calon peserta didik baru SMA / SMK.
3. Urutan pilihan sekolah.
4. Usia dengan urutan usia lebih tua ke usia lebih muda.
5. Waktu mendaftar.
Pemilihan sekolah tujuan
Calon peserta didik baru jalur prestasi akademik dapat memilih:
1. Untuk SMP paling banyak 3 (tiga) sekolah.
2. Untuk SMA dan SMK paling banyak 3 (tiga) peminatan/kompetensi keahlian.
3. Pilihan peminatan/kompetensi keahlian pada saat pengajuan pendaftaran secara daring melalui situs web ppdb.jakarta.go.id untuk SMA/SMK paling banyak 3 (tiga) peminatan/kompetensi keahlian pada 1 (satu) sekolah atau 3 (tiga) peminatan/kompetensi keahlian pada sekolah yang berbeda.
Kuota
1. Jika calon peserta didik baru tidak diterima di sekolah tujuan maka calon peserta didik baru dapat mendaftar di sekolah lain selama jadwal pendaftaran jalur prestasi akademik masih berlangsung.
2. Kuota yang disediakan untuk PPDB Jalur Prestasi akademik:
Bagi calon peserta didik baru yang ber-kartu keluarga (KK) DKI Jakarta adalah 20 persen dari daya tampung kedua untuk Jenjang SMP dan SMA.